Première innovation comparé à la VO : il est possible de changer les membres de son équipe après les évènements du Géant de Babel. Rendez-vous au sommet de la tour de Mysidia pour faire le changement et ainsi choisir entre les cinq membres classiques (Cecil, Rosa, Kain, Rydia, Edge), ou bien avec, nouveauté, Yang, Cid, Edward, Palom et Porom !

En retournant au Mont du Supplice (le Mt. Ordeal), un nouveau donjon permettra d'entraîner vos personnages, et surtout de récupérer l'équipement ultime des 5 persos cités plus haut (et qui n'en n'avait pas dans la VO, logique)! La personne qui désire recevoir son équipement doit faire partie de l'équipe, autrement le monstre-gardien de l'arme n'apparaît pas.

Le dernier donjon, les Ruines Lunaires, se dévoile une fois le jeu terminé. Ce donjon ne fait pas moins de 50 étage et relève d'un cran le niveau de difficulté : d'une part on retrouve les ennemis rencontrés dans le jeu sous une nouvelle forme bien plus puissante ; les monstres auparavant "coriaces" deviennent tout à coup des semi-boss, surtout sur la fin du donjon. D'autre part il est question ici de faire passer une sorte d'épreuve à tous les personnages : chacun bénéficie de sa propre mise en scène dans le donjon, dont la difficulté du parcours est très variable : par exemple, les Invocations de Rydia à défaire en version "Dark Eons", tandis que Kain, fidèle à lui même, remplira son épreuve en mode solo ! Plusieurs aller-retours seront nécessaires pour que tous les personnages participent aux 9 épreuves, en vue d'obtenir tous les Grimoires. Ce qui conduira à affronter le boss ultime, Zeromus EG (EGlantine ? En Grêve ?) Bref, du haut de ses 50 étages, il n'a sûrement pas l'intention de se laisser faire !

Le Sound-Test est lui aussi de la partie, disponible dans le menu "Extras" juste en dessous du Bestiaire, une fois le jeu terminé ^^